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總統馬英九親自召開記者會，宣示成立廉政署，法務部預估若修法順利，廉政署可望在2012年1月成立。 然而，Yahoo!奇摩在7月20日進行一項萬人投票，發現高達77%的民眾對廉政署其實沒信心，覺得對肅貪沒有用。到底廉政署是什麼？從4個重點快速了解廉政署，與它的2個主要爭議。

重點1.反貪肅貪的專門機構廉政署直屬於法務部，與調查局是平行單位，主要辦「肅貪」，不辦賄選，查察賄選仍由調查局廉政處負責。

重點2.由現有檢察官等幹員組成廉政署初期將有約200名成員，主要會徵調現有檢察官、檢查事務官，徵選調查局、刑事局、政風單位等幹員，與對外公開招考廉政官或廉政助理。

重點3.廉政官具調查權「廉政官」將具司法警察身分、有調查權，必要時可向法院聲請搜索、扣押與羈押，不再只是沒調查權的「無牙老虎」。

重點4.運作方式似特偵組廉政署在運作時類似特偵組，當發現貪瀆案後，由政風人員、廉政官向上報告，由廉政署內檢察官檢視是否構成犯罪，偵辦到一定程度後，再交給各轄區地檢署，決定偵結起訴或不起訴。

廉政署成立的2個主要爭議

1.層級太低且有獨立性問題由於新加坡的「貪汙調查局」直屬總理，香港的「廉政公署」直屬總督，皆不受國會、行政等部門影響，職權較大，但台灣的廉政署卻直屬法務部，位階不夠高，也可能受其他高層級單位影響。對此法務部解釋，香港、新加坡適用英美法系，才會在最高行政首長下設廉政機構，但台灣是大陸法系，廉政署不能直接設在行政院下，只能隸屬法務部。

2.與調查局疊床架屋廉政署被認為會與調查局疊床架屋，恐怕彼此爭功諉過，也有律師提出疑慮，未來會不會有執法單位為了政績，逼許多沒有無辜的人認罪。但法務部認為這會形成交叉火網，使肅貪無死角。

藍綠陣營對於廉政署的質疑

國民黨：立委邱毅說，當初國民黨多次反對成立廉政署，便是擔心設在法務部之下，可能會變成政治工具，又與調查局功能重疊。

民進黨：許多民進黨立委質疑，過去10年他們主張設置廉政單位，卻被國民黨在立法院擋了177次，現在馬總統卻在發生高院法官貪瀆事件發生後，倉卒成立廉政署，就跟製造出一輛「掛著廉政署車牌」的拼裝車一樣，應付了事。